很多作者写论文时，经常混淆脚注尾注注释和参考文献，二者功能不一样，格式要求也存在区别，很多期刊对于注释和参考文献的格式有严格区分，混用会造成格式不合格，增加退修概率。
注释一般用来补充说明正文当中不方便直接展开的内容，比如概念补充、资料来源说明、观点的引申解释，分为脚注和尾注，以上角标形式标注在正文对应位置。参考文献主要是论文写作过程中直接参考、引用过的文献资料，用来支撑论文研究，包括期刊文章、专著、学位论文、报告等各类文献，统一放置在论文文末。
部分文章当中，正文引用某篇文献的原话或者观点，既需要正文上角标标注，同时这条文献也需要列入文末参考文献列表。并不是所有注释内容都要放进参考文献，简单的背景说明类注释无需重复列入参考文献。投稿前仔细阅读目标期刊的格式规范，确认刊物要求注释使用脚注还是尾注，参考文献采用哪一种格式标准，按照刊物模板统一调整全文格式。